Negli ultimi anni, sempre più imprese accedono a incentivi pubblici, contributi a fondo perduto e crediti d’imposta. Tuttavia, insieme alle opportunità aumentano anche gli adempimenti da rispettare, in particolare sul fronte della documentazione delle spese.
Una delle novità più importanti riguarda il Codice Unico di Progetto (CUP) e le fatture elettroniche: l’Agenzia delle Entrate ha infatti attivato un nuovo servizio che consente alle imprese di integrare o correggere il CUP sulle fatture già emesse o ricevute, evitando errori che potrebbero compromettere l’agevolazione
Cos’è il CUP e perché è così importante?
Il CUP è un codice alfanumerico che identifica in modo univoco ogni progetto finanziato con risorse pubbliche. Quando un’impresa ottiene un incentivo (contributo, credito d’imposta, agevolazione PNRR, ecc.), a quel progetto viene assegnato un CUP che serve allo Stato per tracciare l’utilizzo dei fondi pubblici.
Dal 1° giugno 2023, tutte le fatture elettroniche relative a spese agevolate devono riportare obbligatoriamente questo codice. In mancanza del CUP, o in caso di errore, possono sorgere criticità in fase di controllo o rendicontazione, con il rischio di contestazioni o perdita del beneficio.
Nella pratica quotidiana non è raro che, in presenza di spese agevolate, le fatture elettroniche presentino criticità legate al Codice Unico di Progetto: può accadere che il fornitore dimentichi di riportare il CUP, che venga indicato un codice errato oppure che una stessa fattura si riferisca a più progetti finanziati. Situazioni di questo tipo, fino a oggi, hanno spesso generato incertezza operativa e la necessità di interventi correttivi complessi, soprattutto in fase di rendicontazione o controllo. Ed è proprio per rispondere a queste esigenze concrete delle imprese che l’Agenzia delle Entrate a decorrere dal 27 gennaio 2026 ha reso disponibile null’area riservata del proprio sito, un servizio web dedicato all’integrazione/correzione del codice CUP nelle fatture elettroniche, in attuazione del provvedimento n. 563301 del 10 dicembre 2025.
Con l’attivazione del nuovo servizio di integrazione e correzione del Codice Unico di Progetto (CUP) sulle fatture elettroniche, l’Agenzia delle Entrate compie un ulteriore passo nel rafforzamento dei sistemi di tracciabilità della spesa pubblica e di controllo sugli incentivi alle attività produttive. Inoltre, l’attivazione di questo strumento semplifica notevolmente la compliance rispetto agli obblighi di tracciabilità delle spese collegate a incentivi pubblici, consentendo di regolarizzare eventuali errori procedurali senza ricorrere a soluzioni alternative meno efficienti o complesse.
Il nuovo servizio dell’Agenzia delle Entrate: cosa consente di fare?
Attraverso il portale “Fatture e Corrispettivi” dell’Agenzia delle Entrate l’impresa, direttamente oppure avvalendosi di un intermediario abilitato, dispone oggi di uno strumento operativo strutturato che consente di intervenire in modo puntuale e tracciabile sulle fatture elettroniche riferite a spese oggetto di agevolazione pubblica. La funzionalità assume un rilievo particolarmente significativo in relazione alla corretta indicazione del Codice Unico di Progetto (CUP), elemento essenziale ai fini del monitoraggio e della rendicontazione degli interventi finanziati con risorse pubbliche.
In concreto, il servizio permette di integrare una fattura elettronica nella quale il CUP sia stato omesso in fase di emissione, evitando che un errore formale del fornitore possa compromettere l’ammissibilità della spesa. È inoltre possibile correggere i casi in cui il CUP risulti indicato in modo errato, non coerente con il progetto di riferimento o non aggiornato rispetto alle comunicazioni del soggetto beneficiario. Particolare attenzione è dedicata alla gestione delle fattispecie, tutt’altro che residuali nella pratica operativa, in cui una medesima fattura sia imputabile a più progetti finanziati: in tali casi, il portale consente di specificare se il CUP debba essere associato all’intero documento oppure esclusivamente a una o più singole linee di dettaglio, garantendo così una corretta imputazione della spesa e una piena coerenza con i criteri di ripartizione adottati in fase di rendicontazione.
A supporto delle attività di controllo interno e di verifica documentale, il servizio mette inoltre a disposizione un riepilogo dei CUP collegati alle fatture ricevute, esportabile in formato PDF. Tale funzionalità rappresenta un valido ausilio sia per il presidio amministrativo-contabile dell’impresa, sia in vista di eventuali controlli da parte delle Autorità di gestione, degli organismi di controllo o degli enti concedenti, facilitando la ricostruzione del legame tra documento di spesa e progetto finanziato.
L’ambito di applicazione della funzionalità è circoscritto alle fatture elettroniche con data di effettuazione dell’operazione successiva al 31 maggio 2023, in coerenza con l’entrata in vigore dell’obbligo normativo di indicazione del CUP. Inoltre, il servizio riguarda esclusivamente le fatture in cui l’impresa assume il ruolo di acquirente o committente, rafforzando in tal modo il principio di responsabilizzazione diretta del beneficiario finale circa la completezza, correttezza e conformità della documentazione di spesa utilizzata ai fini delle agevolazioni.
La ratio sottesa alla disposizione è evidente: consentire alla Pubblica Amministrazione un monitoraggio puntuale, tempestivo e affidabile dell’utilizzo delle risorse pubbliche, rafforzando i meccanismi di tracciabilità finanziaria e di prevenzione delle irregolarità. Tale esigenza risulta ancora più stringente nel contesto degli interventi finanziati nell’ambito del PNRR, dove la corretta associazione tra spesa, progetto e fonte di finanziamento costituisce un presupposto imprescindibile per il rispetto degli impegni assunti a livello nazionale ed europeo.
Perché questa novità è un vantaggio per le imprese?
Questa nuova funzionalità rappresenta una tutela concreta e di particolare rilevanza per le imprese beneficiarie di incentivi pubblici, in quanto consente di ridurre in modo significativo il rischio di irregolarità di natura meramente formale che, pur non incidendo sulla sostanza economica dell’investimento o sulla reale destinazione delle risorse, possono comunque determinare effetti pregiudizievoli rilevanti. Tra questi rientrano, a titolo esemplificativo, il blocco o il ritardo nell’erogazione dei contributi, la sospensione dei pagamenti intermedi, nonché la contestazione, anche in fase successiva, di crediti d’imposta già maturati e contabilizzati.
La possibilità di intervenire direttamente sulle fatture elettroniche tramite il portale dell’Agenzia delle Entrate consente, infatti, di regolarizzare la documentazione di spesa in modo tempestivo, ordinato e tracciabile, riducendo l’esposizione dell’impresa a rilievi amministrativi o fiscali connessi a omissioni o inesattezze nella valorizzazione del Codice Unico di Progetto. Tale facoltà assume particolare rilevanza se esercitata in via preventiva, ossia prima dell’avvio di controlli formali da parte degli enti concedenti, degli organismi di audit o dell’Amministrazione finanziaria, contribuendo a rafforzare la coerenza complessiva tra spese sostenute, progetto finanziato e agevolazione concessa.
L’impatto positivo dello strumento risulta ancora più evidente nell’ambito di progetti complessi, articolati su più annualità o caratterizzati dalla presenza di diverse linee di intervento, fornitori e centri di costo. In tali contesti, l’elevato volume di fatture e la necessità di imputare correttamente le singole voci di spesa rendono imprescindibile una tracciabilità puntuale, sistematica e facilmente ricostruibile nel tempo. La funzionalità si inserisce quindi come elemento di supporto a una gestione strutturata della rendicontazione, favorendo la riconducibilità univoca di ciascun documento di spesa al relativo progetto e alle specifiche fonti di finanziamento.
È tuttavia fondamentale chiarire che il servizio non può e non deve essere interpretato come un meccanismo sostitutivo di una corretta gestione amministrativa, contabile e progettuale. Non si tratta di uno strumento concepito per sanare in modo sistematico, e a posteriori, carenze organizzative o mancanze procedurali, bensì di un supporto operativo che si innesta in un quadro di controlli sempre più strutturato e interconnesso. In tale quadro, alle imprese è richiesto un presidio costante, consapevole e documentato dell’intero ciclo di vita della spesa, dalla fase di affidamento fino alla rendicontazione finale.
La novità, in sintesi, non deve essere letta come un allentamento degli obblighi a carico dei beneficiari, ma come l’introduzione di uno strumento di compliance evoluta: un mezzo che consente di rafforzare l’affidabilità del sistema, migliorare la qualità dei dati trasmessi alla Pubblica Amministrazione e ridurre il rischio di contestazioni, senza attenuare il principio di responsabilità piena dell’impresa nella corretta gestione delle risorse pubbliche.
Il consiglio operativo per le imprese
Per prevenire eventuali criticità legate alla rendicontazione dei progetti agevolati, è essenziale adottare prassi di gestione rigorose e sistematiche, in grado di garantire la tracciabilità, la correttezza e la conformità della documentazione di spesa. In primo luogo, è necessario comunicare il CUP a tutti i fornitori prima dell’emissione delle fatture. Tale accorgimento permette di assicurare che ciascun documento sia correttamente associato al progetto di riferimento sin dalla sua origine, riducendo il rischio di omissioni o errori formali che potrebbero compromettere l’ammissibilità della spesa o rallentare le procedure di pagamento. È altrettanto importante effettuare una verifica tempestiva e sistematica di tutte le fatture ricevute, controllando non solo la correttezza dei dati formali (es. CUP, importi, IVA, date di operazione), ma anche la coerenza con le previsioni progettuali, le linee di intervento e le eventuali clausole contrattuali relative alle agevolazioni concesse. Questa attività di controllo preventivo costituisce la prima barriera contro anomalie, incongruenze o omissioni,ì e riduce in misura significativa il rischio di rilievi da parte degli enti concedenti o dell’Amministrazione finanziaria.
Il servizio di integrazione del CUP deve essere utilizzato esclusivamente come strumento per correzioni mirate e puntuali. Non va interpretato come un sostituto dei controlli preventivi né come un’alternativa a una gestione ordinata e consapevole della documentazione di spesa. L’uso corretto del servizio consente di regolarizzare tempestivamente eventuali errori residui, senza compromettere la responsabilità primaria dell’impresa nella gestione amministrativa e contabile del progetto. Parallelamente, è indispensabile assicurare una conservazione ordinata e completa di tutta la documentazione a supporto delle spese sostenute: fatture, contratti, ordini, ricevute di pagamento e ogni altro documento giustificativo. Tale organizzazione non solo facilita l’accesso alle informazioni durante controlli interni o esterni, ma costituisce anche una prova concreta della regolarità delle operazioni, tutelando l’impresa in caso di verifiche da parte degli enti erogatori o di audit sui fondi pubblici.
In sintesi, una gestione attenta, coerente e sistematica delle fatture e della documentazione di progetto non rappresenta semplicemente un adempimento amministrativo obbligatorio, ma una condizione fondamentale per salvaguardare il valore economico degli incentivi ottenuti, ridurre il rischio di contestazioni o sospensioni dei contributi e rafforzare la compliance dell’impresa rispetto ai requisiti normativi e procedurali.

A cura di Silvestrini Barbara
Responsabile Area Bandi, Finanza Agevolata
e Internazionalizzazione